 |
| Nucleosome |
Chromatin immunoprecipitation (ChIP – kết tủa miễn dịch chất nhiễm sắc) là một phương pháp vô giá trong nghiên cứu tương tác giữa protein với DNA. ChIP có thể được dùng để xem liệu một transcription factor (yếu tố phiên mã) có tương tác với một gene mục tiêu quan tâm hay không, và cũng được dùng để theo dõi sự hiện diện của các histone tại một vị trí quan tâm trong hệ gene.
Nguyên lý là, một protein tương tác (gắn kết) với một đoạn DNA có thể được liên kết chéo (cố định) với đoạn DNA đó, và khi DNA tổng số được xử lý (để cắt thành từng đoạn nhỏ) bằng DNA nuclease hoặc sóng âm, đoạn DNA liên kết chéo với protein đó sẽ được protein bảo vệ nên sẽ không bị cắt.
Các bước cơ bản của quy trình ChIP hiện đại sẽ giúp bạn hiểu rõ hơn về kỹ thuật này.
0. Xác định protein cần nghiên cứu, thường là yếu tố phiên mã. Tạo kháng thể chống lại protein này.
1. Tạo liên kết chéo (crosslink) giữa các protein gắn kết DNA với DNA bằng cách bổ sung formaldehyde vào tế bào hoặc mô.
2. Phân giải tế bào, tách chiết chất nhiễm sắc và cắt thành vô số đoạn nhỏ có kích thước 0.2 - 1kb bằng sóng âm tần số cao (sonication) hoặc DNA nucleases. Ở bước này, vùng DNA có gắn với protein không bị ảnh hưởng.
3. Thực hiện kết tủa miễn dịch. Kháng thể của protein đã chọn gắn với các hạt nhỏ (để việc kết tủa trở nên dễ dàng hơn) được bổ sung vào dung dịch chứa các mảnh chất nhiễm sắc ở bước trên. Các hạt gắn kháng thể đặc hiệu này sẽ liên kết với protein đã chọn (kết tủa miễn dịch). Từ đó phân lập/tinh sạch được hỗn hợp DNA-protein quan tâm.
4. Dùng nhiệt độ cao để phá hủy liên kết chéo formaldehyde giữa protein và DNA để giải phóng DNA. Protein đã chọn không còn có vai trò gì nữa nên sẽ được phân giải. Kết quả là thu được một dung dịch gồm các đoạn nhỏ DNA từng gắn kết với protein đã chọn.
5. Sử dụng một số kỹ thuật như PCR để xác định xem hỗn hợp DNA ở trên có chứa đoạn DNA nghi ngờ hay không. Nếu sử dụng cách này thì người làm thí nghiệm phải có nghi ngờ từ trước về đoạn DNA có thể tương tác với protein đã chọn để thiết kế được primers phù hợp. Cách khác là dùng DNA microarray (ChIP-on-chip) hoặc ChIP-Sequencing để xác định được danh tính của các đoạn DNA thu được.
 |
| Sơ đồ minh họa kỹ thuật ChIP kết hợp với giải trình tự. Nguồn: https://en.wikipedia.org/wiki/Chromatin_immunoprecipitation |
0 comments:
Post a Comment